No EJAF, o Ensino Secundário distingue-se pela excelência académica e pela orientação vocacional dos alunos. Com oferta nas áreas de Ciências e Tecnologias, Ciências Socioeconómicas, Artes Visuais e Línguas e Humanidades, e de várias disciplinas de opção na formação específica no 12º ano, os alunos são preparados para o prosseguimento de estudos e para uma cidadania ativa e consciente, perspetivando-se uma eficaz inserção futura no mundo académico universitário e no contexto do atual mercado de trabalho. Promove-se o desenvolvimento do raciocínio, do pensamento crítico, da curiosidade científica e de uma cultura humanística, artística, científica e técnica. Dinamizam-se atividades e projetos que colaboram na formação de jovens capazes de resolver problemas e de intervir socialmente. Incentiva-se o empreendedorismo e a responsabilidade, ao mesmo tempo que se reforça a ligação entre a escola, a vida ativa e a comunidade.